A estrutura física da APAE é composta por blocos, em perfeita condição de uso, sendo feita manutenção e pintura a cada seis meses. Possui uma área total de 7.000 m2, num total de 12 blocos, sendo seis blocos alugados a Faculdade Leão Sampaio (Campus Saúde) e o restante, para o funcionamento da APAE (escola e Clinica) assim distribuídos:
